La obtención de agua regenerada que sea apta para la reutilización requiere de tratamientos adicionales para mejorar la calidad de del efluente, ya que por lo general los tratamientos de depuración reducen la carga contaminante permitiendo su vertido a cauces naturales, pero no necesariamente para un uso posterior como recurso hídrico alternativo.

Estos tratamientos se conocen como tratamientos terciarios que son procesos para eliminar la contaminación microbiológica de las aguas residuales e industriales y permitir uso como recurso hídrico alternativo.

Se llevan a cabo normalmente en las mismas instalaciones, a continuación del tratamiento secundario, en la sección se conoce como estación de regeneración de agua (ERA).

En el tratamiento terciario se implementan los procesos de depuración avanzados para reducir la carga de contaminante, solidos en suspensión y turbidez, así como los microorganismos patógenos (virus y bacterias) que aseguren la calidad sanitaria del agua.

La elección de los tratamientos terciarios dependerá fundamentalmente de dos factores: Las líneas de tratamiento primario y secundario existente y, por otro lado, de la calidad requerida del agua regenerada, a finde adaptarse a las calidades mínimas exigidas para su uso en la legislación vigente.