Es la etapa de tratamiento encargada de la desactivación o destrucción de los organismos patógenos.

Para la correcta desinfección del agua sea efectiva, el agua residual que viene de procesos o etapas anteriores debe estar adecuadamente tratada. Los organismos potencialmente problemáticos a eliminar del agua residual son las bacterias entéricas, los virus y los quistes de protozoarios, entre otros.

Cabe destacar que en diversas ocasiones es necesario aplicar un tratamiento específico de desinfección para garantizar una protección sanitaria adecuada.

La desinfección se logra mediante desinfectantes químicos y/o físicos, los métodos más habituales de desinfección son:

- Ozono

- Luz Ultravioleta. Se realiza dentro de un equipo para maximizar la interacción entre el agua y la luz.

- Métodos químicosMediante el uso de un desinfectante químico, que deben tener un efecto residual, es decir mantenerse como agentes activos en el agua tras la desinfección para prevenir la Recontaminación del agua en los sistemas de distribución.